Visi madrasah dirumuskan dalam enam nilai FURQON: Fathonah, Ukhuwwah, Rabbani, Qur'ani, Optimis, dan Naf'i.
MA Al-Furqon Sanden menetapkan visi "Terwujudnya Generasi FURQON" sebagai arah sekaligus cita-cita jangka panjang penyelenggaraan pendidikan di madrasah.
FURQON merupakan akronim dari enam nilai: Fathonah (cerdas, cermat, berwawasan luas dan visioner), Ukhuwwah (menjunjung tinggi kebersamaan dan persaudaraan Islam), Rabbani (mendahulukan ridho Allah Swt. dalam setiap langkah), Qur'ani (menjadikan Al-Qur'an sebagai pedoman hidup dan hafalan), Optimis (penuh keyakinan menghadapi tantangan masa depan), dan Naf'i (bermanfaat bagi agama, bangsa, dan kemanusiaan).
Visi tersebut dijabarkan dalam delapan butir misi yang menjadi pedoman seluruh warga madrasah dalam merancang, melaksanakan, dan mengembangkan program pendidikan yang terintegrasi antara kurikulum nasional, budaya pesantren, Kurikulum Berbasis Cinta (KBC), serta penguatan karakter dan kompetensi murid.